Gen
PRXL2C
peroxiredoxin like 2C
- HGNC 16881↗(öppnas i en ny flik)
- Ensembl-gen ENSG00000158122↗(öppnas i en ny flik)
- NCBI Gene 195827↗(öppnas i en ny flik)
Sammanfattning
- Cytogenetisk position
- 9q22.33
- Koordinater
- Kromosom 9: 96 639 577–96 655 317 (GRCh38)
- Exoner
- 6 exoner på 15,7 kb
- Protein
- 226 aminosyror
- Tidigare symboler
- C9orf21, AAED1
- MANE Select-transkript
- ENST00000375234.8NM_153698.2
- Lokustyp
- Proteinkodande
- Mycket hög
- Säker
- Låg
- Mycket låg
Den här sidan som data
Lägg till .json i sidans adress, eller begär application/json, för att läsa den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/prxl2c.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLäs PRXL2C, och resten av ditt genom, med ett test.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor
Beställ mitt Genome TestKuraterade rapporter som är relevanta för denna gen
Ingen Genome Test-rapport läser PRXL2C ännu. Testet sekvenserar hela ditt genom, så dina data innehåller den ändå.
Så är PRXL2C uppbyggd
- Kodande sekvens
- Otranslaterad region
- Intron
- Transkriptionsriktning
- Sträckor som korta läsningar har svårt för
Exoner i genens MANE Select-transkript (version v1.5), från NCBI och EMBL-EBI, på referensgenomet GRCh38.
Kromosombanden från UCSC:s GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Närliggande gener från Ensembl-version 116, på GRCh38.
Exoner utgör 2,9 kb av genens 15,7 kb, och 681 av dessa baser kodar för proteinet.
Sekvensering av PRXL2C
9Lätt
Hur svår PRXL2C är att sekvensera med korta läsningar, av 100
0 · Lätt100 · Svår
Nästan alla exoner i PRXL2C ligger där korta läsningar kartläggs tydligt.
Det som tillkommer: andelen av PRXL2Cs exoner i varje typ av svår region
- KartläggbarhetSträckor där 100 eller 250 bp långa läsningar inte kan placeras entydigt, så ett anrop där kan saknas eller vara fel. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 100.2,6 %
- HomologiSegmentella duplikationer: kopior på andra ställen i genomet, till exempel paraloger och pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 60.0 %
- Delas med chrYDe pseudoautosomala regionerna och den X-transponerade regionen, där chrX och chrY bär samma eller nästan samma sekvens, så en läsning från den ena kan placeras på den andra. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 60.0 %
- ReferenstäckningLuckor i den närliggande referensassemblyn, där det inte finns någon sekvens för läsningarna att anpassas mot. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 50.0 %
- RepetitionerTandemrepetitioner och serier av en och samma bas, där läsningar glider och som kanske inte spänns över. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 30.5,3 %
- GC-innehållFönster med under 25 % eller över 65 % G och C, som biblioteksberedningen täcker glest. Ensam skulle en gen som helt ligger i denna typ av region få 20.23 %
Ett Dante Labs-poäng från egen forskning, baserat på NIST:s Genome in a Bottle-kartor över svårsekvenserade regioner.Så poängsätts detVarje stapel är andelen av PRXL2Cs exonbaser i den typen av svår region. Varje enskild typ kan göra en gen svår på egen hand, och varje ytterligare typ lägger till mindre: 0 när ingen bas ligger i någon, 100 när varje bas ligger där läsningar inte kan placeras entydigt.
Externa länkar
Genposter
Transkript
Protein
Varifrån detta kommer
- HGNC: genens symbol, namn, andra symboler och position.
- MANE Select v1.5, från NCBI och EMBL-EBI: transkriptet, dess exoner och kodande sekvens.
- Genome in a Bottle-stratifieringarna från NIST: poängen för sekvenseringssvårighet.
Citera den här sidan
Dante Labs. (u.å.). PRXL2C-genen: peroxiredoxin like 2C. Hämtad 19 oktober 2026, från https://dantelabs.com/sv/genes/prxl2c
Dante Labs. PRXL2C-genen: peroxiredoxin like 2C [Internet]. [citerad 19 oktober 2026]. Tillgänglig på: https://dantelabs.com/sv/genes/prxl2c
Ett test. Ett helt liv av svar.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor