Gen
CNIH3
cornichon family AMPA receptor auxiliary protein 3
- HGNC 26802↗(öppnas i en ny flik)
- Ensembl-gen ENSG00000143786↗(öppnas i en ny flik)
- NCBI Gene 149111↗(öppnas i en ny flik)
Sammanfattning
- Cytogenetisk position
- 1q42.12
- Koordinater
- Kromosom 1: 224 616 317–224 740 554 (GRCh38)
- Exoner
- 6 exoner på 124,2 kb
- Protein
- 160 aminosyror
- Även känd som
- FLJ38993, CNIH-3
- MANE Select-transkript
- ENST00000272133.4NM_152495.2
- Lokustyp
- Proteinkodande
- Mycket hög
- Säker
- Låg
- Mycket låg
Den här sidan som data
Lägg till .json i sidans adress, eller begär application/json, för att läsa den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/cnih3.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLäs CNIH3, och resten av ditt genom, med ett test.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor
Beställ mitt Genome TestKuraterade rapporter som är relevanta för denna gen
Ingen Genome Test-rapport läser CNIH3 ännu. Testet sekvenserar hela ditt genom, så dina data innehåller den ändå.
Så är CNIH3 uppbyggd
- Kodande sekvens
- Otranslaterad region
- Intron
- Transkriptionsriktning
- Sträckor som korta läsningar har svårt för
Exoner i genens MANE Select-transkript (version v1.5), från NCBI och EMBL-EBI, på referensgenomet GRCh38.
Kromosombanden från UCSC:s GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Närliggande gener från Ensembl-version 116, på GRCh38.
Exoner utgör 2,5 kb av genens 124,2 kb, och 483 av dessa baser kodar för proteinet.
Sekvensering av CNIH3
4Lätt
Hur svår CNIH3 är att sekvensera med korta läsningar, av 100
0 · Lätt100 · Svår
Nästan alla exoner i CNIH3 ligger där korta läsningar kartläggs tydligt.
Det som adderar: andelen av CNIH3:s exoner i varje typ av svårt område
- MappbarhetSträckor där 100 eller 250 bp långa läsningar inte kan placeras entydigt, så ett anrop där kan saknas eller vara fel. Vikt 35 %.0 %
- HomologiSegmentella duplikationer: kopior på andra ställen i genomet, till exempel paraloger och pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Vikt 30 %.0 %
- RepetitionerTandemrepetitioner och serier av en och samma bas, som läsningar glider på och som kanske inte spänner över. Vikt 15 %.2,7 %
- GC-innehållFönster med under 25 % eller över 65 % G och C, som biblioteksberedningen täcker tunnt. Vikt 10 %.31 %
- ReferenstäckningLuckor i referensassemblyn i närheten, där det inte finns någon sekvens för läsningar att anpassas mot. Vikt 10 %.0 %
En poäng från Dante Labs egen forskning, byggd på NIST:s Genome in a Bottle-kartor över svårsekvenserade områden.Så beräknas poängenVarje stapel är andelen av CNIH3:s exonbaser i just den typen av svårt område. Varje typ kan i sig göra en gen svår, och varje ytterligare typ adderar mindre: 0 när ingen bas ligger i någon, 100 när varje bas ligger där läsningar inte kan placeras entydigt.
Externa länkar
Genposter
Transkript
Protein
Varifrån detta kommer
- HGNC: genens symbol, namn, andra symboler och position.
- MANE Select v1.5, från NCBI och EMBL-EBI: transkriptet, dess exoner och kodande sekvens.
- Genome in a Bottle-stratifieringarna från NIST: poängen för sekvenseringssvårighet.
Citera den här sidan
Dante Labs. (u.å.). CNIH3-genen: cornichon family AMPA receptor auxiliary protein 3. Hämtad 18 oktober 2026, från https://dantelabs.com/sv/genes/cnih3
Dante Labs. CNIH3-genen: cornichon family AMPA receptor auxiliary protein 3 [Internet]. [citerad 18 oktober 2026]. Tillgänglig på: https://dantelabs.com/sv/genes/cnih3
Ett test. Ett helt liv av svar.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor