Gen
BARX1
BARX homeobox 1
- HGNC 955↗(öppnas i en ny flik)
- Ensembl-gen ENSG00000131668↗(öppnas i en ny flik)
- NCBI Gene 56033↗(öppnas i en ny flik)
Sammanfattning
- Cytogenetisk position
- 9q22.32
- Koordinater
- Kromosom 9: 93 951 627–93 955 355 (GRCh38)
- Exoner
- 4 exoner på 3,7 kb
- Protein
- 254 aminosyror
- MANE Select-transkript
- ENST00000253968.11NM_021570.4
- Lokustyp
- Proteinkodande
- Mycket hög
- Säker
- Låg
- Mycket låg
Den här sidan som data
Lägg till .json i sidans adress, eller begär application/json, för att läsa den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/barx1.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLäs BARX1, och resten av ditt genom, med ett test.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor
Beställ mitt Genome TestKuraterade rapporter som är relevanta för denna gen
Ingen Genome Test-rapport läser BARX1 ännu. Testet sekvenserar hela ditt genom, så dina data innehåller den ändå.
Så är BARX1 uppbyggd
- Kodande sekvens
- Otranslaterad region
- Intron
- Transkriptionsriktning
Exoner i genens MANE Select-transkript (version v1.5), från NCBI och EMBL-EBI, på referensgenomet GRCh38.
Kromosombanden från UCSC:s GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Närliggande gener från Ensembl-version 116, på GRCh38.
Exoner utgör 1,5 kb av genens 3,7 kb, och 765 av dessa baser kodar för proteinet.
Sekvensering av BARX1
10Måttlig
Hur svår BARX1 är att sekvensera med korta läsningar, av 100
0 · Lätt100 · Svår
Några av BARX1:s exoner ligger där korta läsningar kan missa eller felplacera en förändring.
Det som adderar: andelen av BARX1:s exoner i varje typ av svårt område
- MappbarhetSträckor där 100 eller 250 bp långa läsningar inte kan placeras entydigt, så ett anrop där kan saknas eller vara fel. Vikt 35 %.0 %
- HomologiSegmentella duplikationer: kopior på andra ställen i genomet, till exempel paraloger och pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Vikt 30 %.0 %
- RepetitionerTandemrepetitioner och serier av en och samma bas, som läsningar glider på och som kanske inte spänner över. Vikt 15 %.7,2 %
- GC-innehållFönster med under 25 % eller över 65 % G och C, som biblioteksberedningen täcker tunnt. Vikt 10 %.88 %
- ReferenstäckningLuckor i referensassemblyn i närheten, där det inte finns någon sekvens för läsningar att anpassas mot. Vikt 10 %.0 %
En poäng från Dante Labs egen forskning, byggd på NIST:s Genome in a Bottle-kartor över svårsekvenserade områden.Så beräknas poängenVarje stapel är andelen av BARX1:s exonbaser i just den typen av svårt område. Varje typ kan i sig göra en gen svår, och varje ytterligare typ adderar mindre: 0 när ingen bas ligger i någon, 100 när varje bas ligger där läsningar inte kan placeras entydigt.
Externa länkar
Genposter
Transkript
Protein
Varifrån detta kommer
- HGNC: genens symbol, namn, andra symboler och position.
- MANE Select v1.5, från NCBI och EMBL-EBI: transkriptet, dess exoner och kodande sekvens.
- Genome in a Bottle-stratifieringarna från NIST: poängen för sekvenseringssvårighet.
Citera den här sidan
Dante Labs. (u.å.). BARX1-genen: BARX homeobox 1. Hämtad 18 oktober 2026, från https://dantelabs.com/sv/genes/barx1
Dante Labs. BARX1-genen: BARX homeobox 1 [Internet]. [citerad 18 oktober 2026]. Tillgänglig på: https://dantelabs.com/sv/genes/barx1
Ett test. Ett helt liv av svar.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor