Gen
SMIM10L2A
small integral membrane protein 10 like 2A
- HGNC 34499↗(åpnes i ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000178947↗(åpnes i ny fane)
- NCBI Gene 399668↗(åpnes i ny fane)
Sammendrag
- Cytogenetisk plassering
- Xq26.3
- Koordinater
- Kromosom X: 135 421 944–135 428 075 (GRCh38)
- Eksoner
- 2 eksoner over 6,1 kb
- Protein
- 78 aminosyrer
- Også kjent som
- MGC39606, LED, LINC0086
- Tidligere symboler
- NCRNA00086, LINC00086
- MANE Select-transkripsjon
- ENST00000417443.3NM_203306.3
- Lokustype
- Proteinkodende
- Svært høy
- Sikker
- Lav
- Svært lav
Denne siden som data
Legg til .json etter adressen til siden, eller be om application/json, for å lese den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/smim10l2a.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLes SMIM10L2A og resten av genomet ditt med én test.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker
Få mitt Genome TestKuraterte rapporter som er relevante for dette genet
Ingen Genome Test-rapport leser SMIM10L2A ennå. Testen sekvenserer hele genomet ditt, så dataene dine inkluderer det likevel.
Slik er SMIM10L2A bygget opp
- Kodende sekvens
- Utranslatert region
- Intron
- Transkripsjonsretning
- Områder som korte avlesninger sliter med
Eksoner i genets MANE Select-transkripsjon (utgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referansegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSCs GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheten fra Ensembl-utgave 116, på GRCh38.
Eksonene utgjør 5,2 kb av genets 6,1 kb, og 237 av disse basene koder for proteinet.
Sekvensering av SMIM10L2A
57Vanskelig
Hvor vanskelig SMIM10L2A er å sekvensere med korte leser, av 100
0 · Lett100 · Vanskelig
Mye av SMIM10L2A ligger der korte leser kan overse eller feilplassere en endring.
Det som kommer i tillegg: andelen av eksonene til SMIM10L2A i hver type vanskelig område
- KartleggbarhetStrekninger der 100 eller 250 bp lange leser ikke kan plasseres entydig, slik at en variant der kan mangle eller være feil. Alene ville et gen som helt ligger i denne typen område fått en poengsum på 100.2,4 %
- HomologiSegmentelle duplikasjoner: kopier andre steder i genomet, som paraloger og pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Alene ville et gen som helt ligger i denne typen område fått en poengsum på 60.90 %
- Delt med chrYDe pseudoautosomale områdene og det X-transponerte området, der chrX og chrY har samme eller nesten samme sekvens, slik at en lesing fra den ene kan plasseres på den andre. Alene ville et gen som helt ligger i denne typen område fått en poengsum på 60.0 %
- ReferansedekningHull i referanseassemblyen i nærheten, der det ikke finnes sekvens for leser å justere mot. Alene ville et gen som helt ligger i denne typen område fått en poengsum på 50.0 %
- RepetisjonerTandemrepetisjoner og serier av én base, som leser glir på og kanskje ikke spenner over. Alene ville et gen som helt ligger i denne typen område fått en poengsum på 30.2,5 %
- GC-innholdVinduer med under 25 % eller over 65 % G og C, som biblioteksforberedelsen dekker tynt. Alene ville et gen som helt ligger i denne typen område fått en poengsum på 20.22 %
En Dante Labs-poengsum basert på egen forskning, bygget på NISTs Genome in a Bottle-kart over vanskelig sekvenserbare områder.Slik beregnes poengsummenHver søyle er andelen av eksonbasene til SMIM10L2A i den typen vanskelig område. Hver enkelt type kan gjøre et gen vanskelig alene, og hver ekstra type legger til mindre: 0 når ingen base er i noen, 100 når alle baser er der leser ikke kan plasseres entydig.
Eksterne lenker
Genposter
Transkripsjon
Protein
Klinisk
Her kommer dette fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og plassering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, eksonene og den kodende sekvensen.
- Genome in a Bottle-stratifiseringene for genom, fra NIST: poengsummen for sekvenseringsvanskelighet.
Siter denne siden
Dante Labs. (u.d.). SMIM10L2A-genet: small integral membrane protein 10 like 2A. Hentet 20. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/no/genes/smim10l2a
Dante Labs. SMIM10L2A-genet: small integral membrane protein 10 like 2A [Internett]. [sitert 20. oktober 2026]. Tilgjengelig fra: https://dantelabs.com/no/genes/smim10l2a
Én test. En livstid med svar.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker