Gen
MGAT4C
MGAT4 family member C
- HGNC 30871↗(åbnes i en ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000182050↗(åbnes i en ny fane)
- NCBI Gene 25834↗(åbnes i en ny fane)
Oversigt
- Cytogenetisk placering
- 12q21.31-q21.32
- Koordinater
- Kromosom 12: 85.955.667–86.256.391 (GRCh38)
- Exoner
- 5 exoner fordelt over 300,7 kb
- Protein
- 478 aminosyrer
- Også kendt som
- HGNT-IV-H
- MANE Select-transkript
- ENST00000611864.5NM_001351288.2
- Lokustype
- Proteinkodende
- Meget høj
- Sikker
- Lav
- Meget lav
Denne side som data
Tilføj .json til sidens adresse, eller bed om application/json, for at læse den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/mgat4c.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLæs MGAT4C og resten af dit genom med én test.
Fra 449 $Gratis forsendelse · Resultater på 6–8 uger
Bestil min Genome TestKurerede rapporter relevant for dette gen
Ingen Genome Test-rapport læser MGAT4C endnu. Testen sekventerer hele dit genom, så dine data omfatter det alligevel.
Sådan er MGAT4C opbygget
- Kodende sekvens
- Utranslateret region
- Intron
- Transkriptionsretning
- Regioner, som korte læsninger har svært ved
Eksoner i genets MANE Select-transkript (udgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referencegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSC's GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheden fra Ensembl-udgivelse 116, på GRCh38.
Eksoner udgør 25,3 kb af genets 300,7 kb; 1.437 af disse baser koder for proteinet.
Sekventering af MGAT4C
3Let
Hvor svær MGAT4C er at sekventere med korte reads, ud af 100
0 · Let100 · Svær
Næsten alle eksonerne i MGAT4C ligger, hvor korte reads kan kortlægges tydeligt.
Det, der lægger til: andelen af eksonerne i MGAT4C i hver type svær region
- KortlægningsbarhedStrækninger, hvor reads på 100 eller 250 bp ikke kan placeres entydigt, så et kald dér kan mangle eller være forkert. Vægt 35 %.1,6 %
- HomologiSegmentale duplikationer: kopier andre steder i genomet, fx paraloger og pseudogener, med 90 % identitet eller mere. Vægt 30 %.0 %
- GentagelserTandem-gentagelser og serier af én base, som reads glider på og måske ikke kan spænde over. Vægt 15 %.6,8 %
- GC-indholdVinduer med under 25 % eller over 65 % G og C, som biblioteksforberedelsen dækker tyndt. Vægt 10 %.17 %
- ReferencedækningHuller i den nærliggende referencesamling, hvor der ikke findes nogen sekvens, som reads kan tilpasses til. Vægt 10 %.0 %
En Dante Labs-score baseret på vores egen forskning, bygget på NIST's Genome in a Bottle-kort over svært sekventerbare regioner.Sådan beregnes scorenHver søjle er andelen af eksonbaserne i MGAT4C i den pågældende type svær region. Scoren vægter dem efter, hvor meget hver koster et kald med korte reads: 0, når ingen base ligger i nogen, 100, når alle baser ligger i alle.
Eksterne links
Genposter
Transkript
Protein
Hvor det kommer fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og placering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, dets exoner og kodende sekvens.
- Genome in a Bottle-genomstratifikationerne fra NIST: sekvenseringsvanskelighedsscoren.
Citér denne side
Dante Labs. (u.d.). MGAT4C-genet: MGAT4 family member C. Hentet 18. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/da/genes/mgat4c
Dante Labs. MGAT4C-genet: MGAT4 family member C [Internet]. [citeret 18. oktober 2026]. Tilgængelig fra: https://dantelabs.com/da/genes/mgat4c
Én test. Svar for hele livet.
Fra 449 $Gratis forsendelse · Resultater på 6–8 uger