Секвенцирање целог генома наспрам генетског тестирања: Која је разлика?

Фраза „генетско тестирање“ покрива огроман спектар технологија — од комплета за тестирање порекла потрошача који читају делић процента ваше ДНК, до секвенцирања целог генома клиничког нивоа које чита целу ДНК. То нису различите верзије исте ствари. То су фундаментално различити тестови који одговарају на фундаментално различита питања.

Разумевање шта сваки тест заправо мери — а шта пропушта — је неопходно за свакога ко доноси одлуке о свом здрављу на основу генетских информација.

Шта заправо показују генетски тестови потрошача

ДНК тестови потрошача компанија попут 23andMe, AncestryDNA и MyHeritage користе технологију која се зове генотипизација . Чип за генотипизацију очитава унапред одабрани скуп познатих генетских маркера - обично између 600.000 и 700.000 позиција у вашем геному. Ово звучи као много, али ваш геном садржи приближно 6,4 милијарде базних парова. Чип за генотипизацију очитава мање од 0,01% ваше укупне ДНК.

Овај приступ добро функционише за своју намену: идентификовање заједничких варијанти повезаних са пореклом, одређеним особинама и малим бројем добро проучених здравствених стања. Брз је, јефтин и довољан за упаривање образаца на нивоу популације.

Генотипизација не може да открије варијанте које нису претходно одабране за укључивање у чип. То укључује:

Ретке варијанте које погађају мање од 1% популације
Нове варијанте које раније нису каталогизоване у генетским базама података
Структурне варијанте — велике инсерције, делеције или преуређења ДНК
Варијанте у некодирајућим регионима између гена, које и даље могу утицати на регулацију гена
Варијације броја копија које мењају колико копија гена носите

За клиничко доношење одлука — посебно приликом процене наследног ризика од рака, фармакогеномског одговора на лекове или ретких болести — ове слепе тачке су значајне.

Шта чита секвенцирање целог генома

Секвенцирање целог генома (WGS) користи фундаментално другачији приступ. Уместо провере унапред одабране листе позиција, WGS чита цео ваш геном - свих 6,4 милијарде парова база, сваки ген, сваки интрон, сваку регулаторну регију, сваку позицију између гена.

При покривености од 30 пута — стандарду који се користи у клиничкој дијагностици — свака позиција у вашем геному се очитава у просеку 30 пута. Ова редундантност осигурава тачност од 99,98% и омогућава откривање варијанти за које ниједан циљани тест није био осмишљен да их пронађе.

Типична 30X секвенца целог генома идентификује између 4,6 и 5 милиона варијанти по јединки. Ово укључује варијанте једног нуклеотида (SNV), инсерције и делеције (indels), варијације броја копија (CNV) и структурне варијанте. Датотека са сировим подацима – ваш комплетан генетски запис – је величине приближно 100 GB.

Клиничка разлика

Разлика између генотипизације и секвенцирања целог генома није само техничка. Она има директне клиничке последице:

Дијагностички принос: За пацијенте са ретким болестима, WGS има дијагностички принос од 25–50%, у поређењу са приближно 10–15% за циљане панел тестове и скоро нулом за генотипизацију потрошача.
Покривеност BRCA генома: Потрошачки тестови проверавају неколико оснивачких мутација BRCA1/BRCA2. WGS секвенцира целе гене, откривајући хиљаде могућих патогених варијанти.
Фармакогеномика: WGS може истовремено идентификовати варијанте у свим фармакогенима, не само у подскупу укљученом на чипу за генотипизацију.
Осигуравање будућности: Пошто WGS снима ваш комплетан геном, ваши подаци се могу поново анализирати како се откривају нове асоцијације варијанти и болести — без потребе за новим тестом.

Шта је са клиничким панел тестовима?

Између генотипизације потрошача и секвенцирања целог генома, постоје клинички панел тестови (такође названи циљани генски панели или клиничко секвенцирање ексома). Њих наручују лекари и фокусирају се на дефинисани скуп гена релевантних за одређено стање или категорију – на пример, панел за наследни рак може секвенцирати 50–100 гена повезаних са предиспозицијом за рак.

Панел тестови су клинички валидирани и широко се користе. Њихово ограничење је обим: они испитују само гене укључене у панел. Ако се ваша варијанта налази у гену који није на панелу, неће бити откривена. Пацијенти који добију негативне резултате на панел тесту могу и даље носити клинички значајне варијанте које би открила цела секвенца генома.

Поред тога, панел тестови су дизајнирани за одређено клиничко питање. Ако се ваше здравствено стање промени — или ако желите да разумете свој геном у више области (кардијално, неуролошко, фармакогеномско, рак) — биће вам потребно више одвојених панел тестова. Секвенцирање целог генома одговара на сва та питања једним тестом.

Предност трајности

Можда најмање потцењена разлика је оно што се дешава након теста. Резултат генотипизације потрошача је статичан — говори вам о маркерима који су проверени на дан када је чип дизајниран. Како наука напредује, ваши резултати се не ажурирају.

Подаци о секвенцирању целог генома су комплетни. Пошто је ваш цео геном очитан, може се поново анализирати у односу на ажуриране базе података како се објављују нове асоцијације варијанти и болести. Dante Labs обезбеђује аутоматска ажурирања извештаја путем портала Genome Manager — што значи да ваших 200+ клиничких извештаја постаје вредније током времена, а не мање.

Ово је кључни аргумент за једнократно, свеобухватно секвенцирање: ваш геном се не мења. Наука која га тумачи се мења. Комплетан скуп података осигурава да имате користи од сваког будућег открића без потребе за новим тестом.

Који тест је прави за вас?

Одговор зависи од тога шта покушавате да научите:

Порекло и особине: Генотипизација потрошача је довољна.
Специфично клиничко питање под надзором лекара: Циљани панел тест је прикладан ако га је лекар наложио за дефинисано стање.
Свеобухватна генетска слика за садашње и будуће здравствене одлуке: Секвенцирање целог генома пружа комплетан скуп података — један тест који покрива сваки ген, сваку варијанту, свако стање, са поновном анализом током целог живота.

Сазнајте више о секвенцирању целог генома у Данте Лабс →