Оксфорд Нанопоре против ПацБио: нова ера секвенцирања дугог читања

Увод

У брзо еволуирајућем свету геномике, технологије секвенцирања дугих читања постале су неопходне за решавање сложених геномских региона, структурних варијација и транскрипата пуне дужине. Две водеће платформе у овој области су Oxford Nanopore Technologies (ONT) и Pacific Biosciences (PacBio). Обе имају јединствене предности и обликују начин на који истраживачи приступају секвенцирању, али како се оне пореде?

Шта је секвенцирање дугог читања?

Секвенцирање дугог читања односи се на технологије способне да читају фрагменте ДНК или РНК који су дугачки хиљаде или чак милионе база у једном читању. Ово омогућава боље склапање генома, мање празнина и побољшано откривање структурних варијанти у поређењу са методама кратког читања.

Оксфордске нанопорне технологије (ОНТ)

Како функционише

ONT користи нанопоре уграђене у мембрану. Како ланци ДНК или РНК пролазе кроз нанопору, мере се промене електричне струје како би се свака база идентификовала у реалном времену.

Кључне предности

• Стримовање података у реалном времену
• Преносни уређаји (нпр. MinION)
• Скалабилно од малих лабораторија до пројеката на нивоу популације
• Ултра дуга читања (могуће преко 1 Mb)
• Стална ажурирања хемије и софтвера

Случајеви употребе

Идеално за секвенцирање на терену, брзо откривање патогена, метагеномику и пројекте који захтевају преносивост или анализу података на лицу места.

Пацифичке бионауке (PacBio)

Како функционише

PacBio-ово SMRT (Single Molecule Real-Time) секвенцирање користи таласоводе нултог мода за праћење ДНК полимеразе док синтетише нову ДНК, хватајући флуоресцентне сигнале са обележених нуклеотида.

Кључне предности

• Висока тачност са HiFi очитавањима (Q20+)
• Одлично за позивање структурних варијанти
• Снажна подршка новим скупштинама
• Константна побољшања пропусности и брзине

Случајеви употребе

Одлично за склапање генома референтног нивоа, транскриптомику, епигенетику и примене које захтевају веома прецизна очитавања.

Упоређивање један поред другог

Који би требало да изаберете?

Одговор зависи од циљева вашег пројекта:

• Изаберите Oxford Nanopore ако вам је потребна преносивост, резултати у реалном времену или изузетно дугачка очитавања.
• Изаберите PacBio ако вам је приоритет изузетно висока тачност и детекција структурних варијанти.

Наша подршка у Dante Omics AI

У компанији Dante Omics AI, подржавамо обе платформе и водимо клијенте кроз најбољу стратегију секвенцирања за њихове јединствене потребе. Без обзира да ли радите на сложеним геномима, транскриптомици или студијама на нивоу популације, наш биоинформатички тим обезбеђује тачну интерпретацију и робусне резултате.

Закључак

Оксфорд Нанопор и ПакБио су сваки на свој начин револуционисали секвенцирање дугих дијаграма. Разумевање њихових предности помаже истраживачима и клиничарима да доносе информисане одлуке за своје геномске токове рада.

Ако вам је потребна помоћ при избору праве платформе или желите да истражите наше услуге секвенцирања и интерпретације података, контактирајте нас данас.