Од замућене до 4К ДНК: Изградња најкомплетнијег генома за ћелијску линију RPE-1

Данте Омикс АИ, заједно са Универзитетом Рокфелер, лабораторијом Ђунта и мрежом глобалних партнера, саставио је најкомплетнији и најтачнији диплоидни референтни геном за ћелијску линију RPE-1 – један од најшире коришћених стандарда за сложене експерименте ћелијског инжењеринга.

Ова прекретница пружа прави „изворни код“ за истраживаче широм света, откључавајући дубљи увид у структурну сложеност, геномску стабилност и инжењеринг заснован на CRISPR-у.

Зашто је ово важно

Линија RPE-1 је глобална референца у ћелијској биологији, истраживању рака и уређивању генома. Па ипак, до сада је њен геном био непотпун, остављајући кључне регионе замагљеним или недостајућим.

Наша нова скупштина ово мења:

► Диплоидна потпуност – и мајчински и очев хаплотипови разрешени на хромозомима. ► Ултрависока тачност – > 99,9999% на више хромозома. ► Потпуна покривеност сложених региона – центромери, понављања и структурно изазовна ДНК сада мапирани. ► Вишеплатформска интеграција – подаци из кратких читања Illumina, PacBio HiFi, дугих читања Oxford Nanopore и комплементарних ресурса. ► Отворени приступ – склапање RPE1v1.1 је сада доступно преко NCBI и UCSC Genome Browser.

Заједничко достигнуће

Овај пројекат је био могућ само захваљујући комбинованој стручности глобалног конзорцијума, који је укључивао:

Рокфелеров универзитет Гиунта ЛабСапиенза Универзитет у Риму Универзитет у Тенесију Подручје науке у Трсту Универзитет у Л'АквилаДанте Омицс АИ

Како је објаснио Андреа Рипосати, извршни директор компаније Dante Omics AI: „Замислите софтвер за дебаговање без делова изворног кода. Са овим склопом, истраживачи коначно имају комплетан, тачан 'изворни код' за RPE-1 ћелије – све до најсложенијих региона који су раније били невидљиви.“

Импликације за науку и медицину

Нови стандард за ћелијски инжењеринг: CRISPR и друге технике уређивања сада се могу ослонити на поузданију референцу. Дубље истраживање сложености ДНК: центромери и понављања, некада недоступни, сада су отворени за проучавање. Шири утицај у различитим истраживачким областима: од онкологије до синтетичке биологије, овај геном побољшава прецизност експеримената широм света. Модел за будуће склопове: приступ се може проширити на друге ћелијске линије и врсте.

Закључак

„Од замућене до 4К ДНК“ је више од наслова – означава прекретницу за геномска истраживања. Комбиновањем мултиомике убрзане вештачком интелигенцијом са најсавременијим технологијама секвенцирања, Dante Omics AI и његови партнери су испоручили до сада најјаснији геномски план за један од најважнијих ћелијских модела у биологији.

➡ Прочитајте саопштење за штампу на BusinessWire-у