Γονίδιο
VPS72
vacuolar protein sorting 72 homolog
- HGNC 11644↗(ανοίγει σε νέα καρτέλα)
- Γονίδιο Ensembl ENSG00000163159↗(ανοίγει σε νέα καρτέλα)
- NCBI Gene 6944↗(ανοίγει σε νέα καρτέλα)
Σύνοψη
- Κυτογενετική θέση
- 1q21.3
- Συντεταγμένες
- Χρωμόσωμα 1: 151.176.304–151.190.197 (GRCh38)
- Εξόνια
- 6 έξώνια σε 13,9 kb
- Πρωτεΐνη
- 364 αμινοξέα
- Γνωστό επίσης ως
- YL-1, YL1, Swc2
- Προηγούμενα σύμβολα
- TCFL1
- Μεταγράφημα MANE Select
- ENST00000368892.9NM_005997.3
- Τύπος locus
- Κωδικοποιητικά πρωτεΐνες
- Πολύ υψηλή
- Υψηλή
- Χαμηλή
- Πολύ χαμηλή
Αυτή η σελίδα ως δεδομένα
Προσθέστε .json στη διεύθυνση της σελίδας ή ζητήστε application/json, για να τη διαβάσετε ως JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/vps72.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameΔιαβάστε το VPS72, και το υπόλοιπο γονιδίωμά σας, με μία εξέταση.
Από 449 $Δωρεάν αποστολή · Αποτελέσματα σε 6–8 εβδομάδες
Αποκτήστε το Genome Test σαςΕπιμελημένες αναφορές που σχετίζονται με αυτό το γονίδιο
Καμία αναφορά Genome Test δεν διαβάζει ακόμα το VPS72. Η εξέταση αλληλουχεί ολόκληρο το γονιδίωμά σας, άρα τα δεδομένα σας το περιλαμβάνουν ούτως ή άλλως.
Πώς είναι διαταγμένο το VPS72
- Κωδικοποιούσα αλληλουχία
- Μη μεταφραζόμενη περιοχή
- Ιντρόνιο
- Κατεύθυνση μεταγραφής
- Περιοχές που τα σύντομα αναγνώσματα βρίσκουν δύσκολες
Εξόνια του μεταγράφηματος MANE Select του γονιδίου (έκδοση v1.5), από τα NCBI και το EMBL-EBI, στο γονιδίωμα αναφοράς GRCh38.
Ζώνες χρωμοσωμάτων από το ιδεόγραμμα GRCh38 του UCSC (2022-10-29).
Γειτονικά γονίδια από την έκδοση 116 του Ensembl, στο GRCh38.
Τα εξόνια αποτελούν 1,5 kb από τα 13,9 kb του γονιδίου· 1.095 από αυτές τις βάσεις κωδικοποιούν την πρωτεΐνη.
Αλληλούχιση VPS72
1Εύκολο
Πόσο δύσκολο είναι να αλληλουχηθεί το VPS72 με σύντομες αναγνώσεις, σε κλίμακα από 0 έως 100
0 · Εύκολο100 · Δύσκολο
Σχεδόν όλα τα εξόνια του VPS72 βρίσκονται σε σημεία όπου οι σύντομες αναγνώσεις αντιστοιχίζονται καθαρά.
Τι προσθέτει: το ποσοστό των εξονίων του VPS72 σε κάθε είδος δύσκολης περιοχής
- Δυνατότητα αντιστοίχισηςΤμήματα όπου αναγνώσεις 100 ή 250 bp δεν μπορούν να τοποθετηθούν με μοναδικό τρόπο, οπότε μια κλήση εκεί μπορεί να λείπει ή να είναι εσφαλμένη. Βάρος 35%.0%
- ΟμολογίαΤμηματικές διπλασιάσεις: αντίγραφα σε άλλα σημεία του γονιδιώματος, όπως παράλογοι και ψευδογονίδια, με ταυτότητα 90% ή μεγαλύτερη. Βάρος 30%.0%
- ΕπαναλήψειςΔιαδοχικές επαναλήψεις και σειρές της ίδιας βάσης, πάνω στις οποίες οι αναγνώσεις γλιστρούν και ενδέχεται να μην τις καλύπτουν πλήρως. Βάρος 15%.0%
- Περιεκτικότητα GCΠαράθυρα με λιγότερο από 25% ή περισσότερο από 65% G και C, τα οποία η προετοιμασία της βιβλιοθήκης καλύπτει αραιά. Βάρος 10%.12%
- Κάλυψη αναφοράςΚενά στη γειτονική συναρμολόγηση αναφοράς, όπου δεν υπάρχει ακολουθία στην οποία οι αναγνώσεις θα μπορούσαν να ευθυγραμμιστούν. Βάρος 10%.0%
Βαθμολογία της Dante Labs από τη δική μας έρευνα, βασισμένη στους χάρτες NIST Genome in a Bottle για δύσκολα προς αλληλούχιση περιοχές.Πώς υπολογίζεταιΚάθε μπάρα είναι το ποσοστό των βάσεων των εξονίων του VPS72 που βρίσκονται σε αυτό το είδος δύσκολης περιοχής. Η βαθμολογία τις σταθμίζει ανάλογα με το πόσο επιβαρύνει κάθε είδος μια κλήση με σύντομες αναγνώσεις: 0 όταν καμία βάση δεν βρίσκεται σε καμία, 100 όταν κάθε βάση βρίσκεται σε όλες.
Εξωτερικοί σύνδεσμοι
Εγγραφές γονιδίου
Μεταγράφημα
Πρωτεΐνη
Από πού προέρχονται αυτά
- HGNC: το σύμβολο, το όνομα, τα άλλα σύμβολα και η θέση του γονιδίου.
- MANE Select v1.5, από NCBI και EMBL-EBI: το μεταγράφημα, τα εξόνιά του και η κωδικοποιούσα αλληλουχία.
- Οι στρωματοποιήσεις γονιδιώματος Genome in a Bottle, από το NIST: η βαθμολογία δυσκολίας αλληλούχισης.
Παραπομπή σε αυτή τη σελίδα
Dante Labs. (χ.η.). Γονίδιο VPS72: vacuolar protein sorting 72 homolog. Ανάκτηση 18 Οκτωβρίου 2026, από https://dantelabs.com/el/genes/vps72
Dante Labs. Γονίδιο VPS72: vacuolar protein sorting 72 homolog [Internet]. [ανακτήθηκε 18 Οκτωβρίου 2026]. Διαθέσιμο από: https://dantelabs.com/el/genes/vps72
Ένα τεστ. Απαντήσεις για όλη τη ζωή.
Από 449 $Δωρεάν αποστολή · Αποτελέσματα σε 6–8 εβδομάδες