Gen
PRR16
proline rich 16
- HGNC 29654↗(åbnes i en ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000184838↗(åbnes i en ny fane)
- NCBI Gene 51334↗(åbnes i en ny fane)
Oversigt
- Cytogenetisk placering
- 5q23.1
- Koordinater
- Kromosom 5: 120.464.300–120.687.314 (GRCh38)
- Exoner
- 2 exoner fordelt over 223 kb
- Protein
- 304 aminosyrer
- Også kendt som
- DSC54
- MANE Select-transkript
- ENST00000407149.7NM_001300783.2
- Lokustype
- Proteinkodende
- Meget høj
- Sikker
- Lav
- Meget lav
Denne side som data
Tilføj .json til sidens adresse, eller bed om application/json, for at læse den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/prr16.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLæs PRR16 og resten af dit genom med én test.
Fra 449 $Gratis forsendelse · Resultater på 6–8 uger
Bestil min Genome TestKurerede rapporter relevant for dette gen
Ingen Genome Test-rapport læser PRR16 endnu. Testen sekventerer hele dit genom, så dine data omfatter det alligevel.
Sådan er PRR16 opbygget
- Kodende sekvens
- Utranslateret region
- Intron
- Transkriptionsretning
- Regioner, som korte læsninger har svært ved
Eksoner i genets MANE Select-transkript (udgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referencegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSC's GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheden fra Ensembl-udgivelse 116, på GRCh38.
Eksoner udgør 1,7 kb af genets 223 kb; 915 af disse baser koder for proteinet.
Sekventering af PRR16
6Let
Hvor svær PRR16 er at sekventere med korte reads, ud af 100
0 · Let100 · Svær
Næsten alle eksonerne i PRR16 ligger, hvor korte reads kan kortlægges uden problemer.
Det der forstærker det: andelen af PRR16s eksoner i hver type svært område
- MappabilityStrækninger, hvor 100 eller 250 bp reads ikke kan placeres entydigt, så et kald der hører til her, kan mangle eller være forkert. Alene ville et gen, der helt ligger i denne type region, få en score på 100.0 %
- HomologiSegmentale duplikationer: kopier andre steder i genomet, fx paraloger og pseudogener, med 90 % identitet eller mere. Alene ville et gen, der helt ligger i denne type region, få en score på 60.0 %
- Delt med chrYDe pseudoautosomale regioner og den X-transponerede region, hvor chrX og chrY har den samme eller næsten samme sekvens, så et read fra den ene kan blive placeret på den anden. Alene ville et gen, der helt ligger i denne type region, få en score på 60.0 %
- ReferencedækningHuller i referenceassemblyet i nærheden, hvor der ikke findes nogen sekvens, reads kan justeres til. Alene ville et gen, der helt ligger i denne type region, få en score på 50.0 %
- GentagelserTandemgentagelser og løb af én base, som reads glider på og måske ikke spænder over. Alene ville et gen, der helt ligger i denne type region, få en score på 30.5,8 %
- GC-indholdVinduer under 25 % eller over 65 % G og C, som biblioteksforberedelsen dækker tyndt. Alene ville et gen, der helt ligger i denne type region, få en score på 20.23 %
En Dante Labs-score baseret på vores egen forskning, bygget på NIST's Genome in a Bottle-kort over svært sekventerbare regioner.Sådan scores detHver søjle er andelen af PRR16s eksonbaser i den type svære region. En enkelt type kan alene gøre et gen svært, og hver ekstra type tilføjer mindre: 0, når ingen base er i nogen, 100, når alle baser ligger, hvor reads ikke kan placeres entydigt.
Eksterne links
Genposter
Transkript
Protein
Hvor det kommer fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og placering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, dets exoner og kodende sekvens.
- Genome in a Bottle-genomstratifikationerne fra NIST: sekvenseringsvanskelighedsscoren.
Citér denne side
Dante Labs. (u.d.). PRR16-genet: proline rich 16. Hentet 20. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/da/genes/prr16
Dante Labs. PRR16-genet: proline rich 16 [Internet]. [citeret 20. oktober 2026]. Tilgængelig fra: https://dantelabs.com/da/genes/prr16
Én test. Svar for hele livet.
Fra 449 $Gratis forsendelse · Resultater på 6–8 uger