Quando si sottopone a un esame del sangue, il risultato è un'istantanea: accurata in quel momento, ma irrilevante un anno dopo. Quando si sequenzia l'intero genoma, invece, il risultato è permanente. La sequenza del Suo DNA non cambia. A cambiare è la scienza che la interpreta, ed è questo che rende il sequenziamento dell'intero genoma fondamentalmente diverso da qualsiasi altro esame medico.
I Suoi dati sono immutabili. La scienza no.
Ogni mese, ricercatori di tutto il mondo pubblicano nuove scoperte che collegano le varianti genetiche a malattie, risposte ai farmaci e condizioni di salute. Il database ClinVar, il principale archivio pubblico delle relazioni tra varianti e malattie, aggiunge ogni anno migliaia di nuove voci. Il ritmo sta accelerando con la disponibilità di set di dati genomici più ampi per analisi su scala di popolazione.
Ciò significa che una variante nel Suo genoma oggi classificata come «variante di significato incerto» (VUS) potrebbe essere riclassificata come patogena il prossimo anno, quando gli studi clinici avranno prodotto prove sufficienti. Al contrario, una variante che sembrava preoccupante potrebbe essere riclassificata come meno rilevante con la disponibilità di ulteriori dati sulla popolazione.
La domanda fondamentale è: il fornitore del test rianalizza i Suoi dati quando vengono effettuati questi aggiornamenti?
Perché la maggior parte dei test rimane ferma nel tempo
I test di genotipizzazione per i consumatori, come quelli offerti da 23andMe, AncestryDNA e servizi simili, analizzano su un chip una serie preselezionata di posizioni genetiche. Il referto che riceve riflette le conoscenze disponibili su quelle specifiche posizioni il giorno in cui è stato progettato il chip. Se la scienza fa una nuova scoperta su una variante che non era presente sul chip, oppure riclassifica una variante che lo era, i Suoi risultati non vengono aggiornati, perché i dati di base sono incompleti.
Anche alcuni test clinici presentano questa limitazione. I pannelli genetici mirati analizzano solo i geni inclusi nel pannello. Se ricerche future identificassero una variante clinicamente importante in un gene non incluso nel Suo pannello, sarebbe necessario un nuovo test per rilevarla.
Come funziona la rianalisi dell’intero genoma
Il sequenziamento dell’intero genoma legge ogni posizione del Suo genoma, pari a circa 6,4 miliardi di coppie di basi. Ciò significa che il file contenente i Suoi dati è completo fin dal primo giorno. Non è stato tralasciato nulla e non occorre raccogliere nuovamente alcun dato.
Quando vengono pubblicate e validate clinicamente nuove associazioni tra varianti e malattie, i dati grezzi del sequenziamento originale possono essere rianalizzati utilizzando database aggiornati. In questo modo possono emergere nuovi risultati clinicamente significativi che non erano noti al momento del test originale, senza dover effettuare un prelievo di sangue né richiedere un nuovo kit o un nuovo test.
In Dante Labs, questa rianalisi avviene automaticamente tramite la piattaforma Genome Manager. Quando convalidiamo nuove associazioni tra varianti e malattie attraverso il nostro processo di revisione clinica, i Suoi referti vengono aggiornati per riflettere le più recenti evidenze scientifiche. Riceverà una notifica in caso di cambiamenti clinicamente rilevanti.
Come funziona in pratica
Consideriamo un esempio concreto: negli anni trascorsi da quando ClinVar ha iniziato a monitorare le classificazioni delle varianti, circa il 7% di tutte le varianti classificate è stato riclassificato almeno una volta alla luce di nuove evidenze. Alcune varianti VUS sono state riclassificate come patogene. Alcune varianti probabilmente patogene sono state declassate. Queste riclassificazioni hanno conseguenze cliniche dirette: cambiano le raccomandazioni relative agli screening, i farmaci ritenuti appropriati e i familiari che dovrebbero sottoporsi al test.
Con un set di dati genomici completo, queste riclassificazioni vengono applicate automaticamente ai Suoi referti. Con un set di dati incompleto, ossia ottenuto con un'analisi meno completa del sequenziamento dell'intero genoma, potrebbero non esserlo, perché la variante in questione non è stata analizzata oppure perché il fornitore non offre la rianalisi.
La convenienza economica di un unico sequenziamento
C’è anche un argomento pratico. Il sequenziamento dell’intero genoma costa una frazione rispetto a cinque anni fa, e i costi continuano a diminuire. Ma il calcolo non riguarda solo il prezzo di oggi, bensì il costo complessivo delle informazioni genetiche nell’arco della vita.
Se oggi si sottopone a un test con pannello mirato e l'anno prossimo a un pannello diverso — perché il quesito clinico è cambiato o perché sono stati aggiunti nuovi geni al pannello — paga due volte per ottenere informazioni incomplete sullo stesso genoma. Il sequenziamento dell'intero genoma acquisisce tutti i dati una sola volta. Ogni domanda futura potrà trovare risposta nello stesso set di dati.
In sintesi
Il test del genoma è l’unico esame della salute che acquista sempre più valore dopo averlo effettuato. Non perché il Suo DNA cambi — non cambia. Ma perché la scienza che lo interpreta continua a progredire. L’unico requisito è che il test originale abbia acquisito tutte le informazioni. Ed è proprio ciò che fa il sequenziamento dell’intero genoma.