Gene
ZFYVE9
zinc finger FYVE-type containing 9
- HGNC 6775↗(si apre in una nuova scheda)
- Gene Ensembl ENSG00000157077↗(si apre in una nuova scheda)
- NCBI Gene 9372↗(si apre in una nuova scheda)
Sintesi
- Localizzazione citogenetica
- 1p32.3
- Coordinate
- Cromosoma 1: 52.142.089–52.346.634 (GRCh38)
- Esoni
- 19 esoni su 204,5 kb
- Proteina
- 1425 amminoacidi
- Noto anche come
- SMADIP, SARA, PPP1R173
- Simboli precedenti
- MADHIP
- Trascritto MANE Select
- ENST00000287727.8NM_004799.4
- Tipo di locus
- Codificanti per proteine
- Molto alta
- Buona
- Bassa
- Molto bassa
Questa pagina come dati
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url <- "https://dantelabs.com/genes/zfyve9.json"
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Nessun report del Genome Test legge ancora ZFYVE9. Il test sequenzia l'intero genoma, quindi i suoi dati lo includono comunque.
Struttura di ZFYVE9
- Sequenza codificante
- Regione non tradotta
- Introne
- Direzione della trascrizione
- Regioni che le letture brevi faticano a leggere
Esoni del trascritto MANE Select del gene (versione v1.5), da NCBI ed EMBL-EBI, sul genoma di riferimento GRCh38.
Bande cromosomiche dall'ideogramma GRCh38 di UCSC (2022-10-29).
Geni vicini dalla release 116 di Ensembl, su GRCh38.
Gli esoni costituiscono 5,1 kb dei 204,5 kb del gene; 4278 di queste basi codificano la proteina.
Sequenziamento di ZFYVE9
7Facile
Quanto è difficile sequenziare ZFYVE9 con letture corte, su 100
0 · Facile100 · Difficile
Quasi tutti gli esoni di ZFYVE9 si trovano in punti in cui le letture corte si allineano con chiarezza.
A questo si aggiunge la quota degli esoni di ZFYVE9 in ciascun tipo di regione difficile
- MappabilitàTratti in cui letture da 100 o 250 bp non possono essere collocate in modo univoco, quindi una chiamata in quel punto potrebbe mancare o essere errata. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 100.4,4%
- OmologiaDuplicazioni segmentali: copie altrove nel genoma, come paraloghi e pseudogeni, con identità del 90% o superiore. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 60.0%
- Condiviso con chrYLe regioni pseudoautosomiche e la regione X-trasposta, dove chrX e chrY portano la stessa sequenza o una quasi identica, per cui una lettura proveniente da uno dei due può essere collocata sull'altro. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 60.0%
- Copertura del riferimentoLacune nell'assemblaggio di riferimento nelle vicinanze, dove non c'è sequenza a cui le letture possano allinearsi. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 50.0%
- RipetizioniRipetizioni in tandem e tratti di una sola base, su cui le letture scivolano e che potrebbero non coprire per intero. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 30.2,3%
- Contenuto di GCFinestre con meno del 25% o più del 65% di G e C, che la preparazione della libreria copre in modo scarso. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 20.8%
Un punteggio di Dante Labs basato su nostre ricerche, costruito sulle mappe Genome in a Bottle del NIST delle regioni difficili da sequenziare.Come viene calcolato il punteggioOgni barra indica la quota delle basi esoniche di ZFYVE9 in quel tipo di regione difficile. Ciascun tipo può da solo rendere difficile un gene, e ogni tipo aggiuntivo incide sempre meno: 0 quando nessuna base ricade in alcuna regione, 100 quando ogni base si trova in un punto in cui le letture non possono essere collocate in modo univoco.
Link esterni
Schede genetiche
Trascritto
Proteina
Da dove provengono questi dati
- HGNC: il simbolo del gene, il nome, gli altri simboli e la posizione.
- MANE Select v1.5, da NCBI ed EMBL-EBI: il trascritto, i suoi esoni e la sequenza codificante.
- Le stratificazioni del genoma Genome in a Bottle, da NIST: il punteggio di difficoltà di sequenziamento.
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Dante Labs. (s.d.). Gene ZFYVE9: zinc finger FYVE-type containing 9. Consultato il 19 ottobre 2026, da https://dantelabs.com/it/genes/zfyve9
Dante Labs. Gene ZFYVE9: zinc finger FYVE-type containing 9 [Internet]. [citato il 19 ottobre 2026]. Disponibile da: https://dantelabs.com/it/genes/zfyve9
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